因应澳门工业的发展，和增强澳门制造业对全球出口的机会以及改善出口情况，早在一九六一年，出口商已存在组织一个商会的构想。当1964年大西洋银行公布调整士姑度与澳门币汇率之改变时，进一步加速成立一个能为澳门出口业利益发表立场的合法组织。一九六五年一月七日，由廿五间商行联合一致通过组织出口商会，并成立筹备委员会。翌日，筹委会开会通过正式定名该组织为『澳门出口商会』，临时办事处设在利斯大厦二零一室(即现今澳门旅游服务中心)。
一九六五年二月二十八日举行了第一次澳门出口商大会，并于一九六五年七月十日，正式公布会章。同年八月十九日，澳门出口商会正式成立。
至八十年代初期，本会将会址迁往新马路三十二号大丰银行大厦一零零一至一零零二室，一九九零年本会再迁往自置物业的中央商业中心三楼处办公，并于一九九零年三月三十日周年会员大会通过修改会章及通过改名为『澳门出入口商会』，接纳入口商为会员，以便扩阔本会的服务范围。
本会历届领导者均秉持本会的精神和宗旨为会员服务、克服经济发展上的困难。本会委派代表参与草拟有关法律和规则的草案，同时对澳门经济发展提供意见，并有代表参与澳门立法会、澳门经济委员会和澳门咨询委员会，因而有更大机会与政府直接沟通。在推广澳门的出口和贸易情况方面，本会组织贸易代表团到中国和海外，又为海外来访的贸易团组织商务洽谈会。内务方面，本会寄发会员每月信息及贸易信息。自一九八三年，本会出版贸易指南，希望藉此能加强澳门贸易渠道。
一九九五年六月十日本会荣获澳门总督韦奇立将军颁给本会工商业功绩勋章。